R

install.packages的参数介绍

今天解决解决了一个R包安装的问题，并且硬着头皮把install.packages和download.file的说明从头到位看了一遍，应该再也没有一个R包安装能为难到我了。

案例

问题描述

能够用浏览器访问镜像站点，但是在安装R包时遇到如下问题，

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# CRAN
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
  package ‘ggtree’ is not available (for R version 3.5.1)
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5:
  cannot open URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/PACKAGES'
# Bioconductor
Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
In addition: Warning messages:
1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘GSEABase’
2: In file(con, "r") : InternetOpenUrl failed: '??'
3: In file(con, "r") : InternetOpenUrl failed: 'on'

解决思路

第一步，确认R能否真的能够下载数据。检索到R用download.file进行文件下载，

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download.file(url = "https://upload-images.jianshu.io/upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png",
             destfile = "test.png")

发现无法直接下载内容，证明R在连接网络时出现了问题

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trying URL 'https://upload-images.jianshu.io/upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png'
Error in download.file(url = "https://upload-images.jianshu.io/upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png",  : 
  cannot open URL 'https://upload-images.jianshu.io/upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png'
In addition: Warning message:
In download.file(url = "https://upload-images.jianshu.io/upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png",  :
  InternetOpenUrl failed:

第二步，根据报错信息, “InternetOpenUrl failed”进行检索，找到一种解决思路，也就是指定R访问网络的方法为libcurl

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download.file(url = "https://upload-images.jianshu.io/upload_images/2013053-6e5c996e3a0d4c93.png",
              destfile = "test.png", methods="libcurl")

能够解决问题。

深入学习install.packages()

为了让自己能够更好解决R包安装问题，需要深入学习install.packages的原理(BiocManager::install本质上也是调用install.packages)。

先仔细阅读install.packages()的参数:

pkgs: 默认是包名，比如说”Matrix”, 会自动从CRAN上检索对应的包，然后进行下载。如果你希望指定安装本地包，或者一个具体的网络地址，参考代码如下:

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# from url resource
install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/Matrix_1.2-15.zip", repos=NULL)
# from local
install.packages("~/../Desktop/Matrix_1.2-15.zip", repos = NULL)

  • lib: R包放在那里，和.libPaths()有关

  • repos: 镜像地址，当设置为NULL时，就可以安装本地包，或一个URLs。

  • contriburl: 这个参数不常用，一般是你自己搞了一个本地镜像点时使用，该参数会覆盖掉reops. 与type="both"不兼容

  • method: R包下载的方法，默认参数是default. 对于file://会调用internal，对于ftps://会调用libcurl,对于 http://,https://,ftp://, windows默认使用wininet,对于Unix类系统，默认使用libcurl. 注意：如果Windows上用capabilities("libcurl")返回时TRUE, 那么也可以用libcurl, Unix类系统无法使用wininet.

  • available: 可以是avaiable.packages返回的镜像点中可用R包，也可以设置为NULL(这时函数内部会自动调用avaiable.packages). 与type="both"不兼容

  • destdir: 下载的R包存放位置，NULL表示放在临时文件夹中，在关闭R后会被删除。

  • dependencies:默认是NA，表示 c("Depends", "Imports", "LinkingTo"), TRUE表示对于要安装的R包是c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests")依赖，依赖的依赖是c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests"). 注意： 对于二进制包，都会忽略”LinkingTo”

  • type: 下载的是二进制包(“binary”)还是源代码”source”. 如果设置为”binary”, 依旧会先去检查该软件包最新的版本是否只有源代码，可用options(install.packages.check.source = "no")关闭。当设置为”source”时，只有不含”C/C++/Fortran”代码的R包可以被编译，如果R包中有C/C++/Fortran代码，那么Windows就需要安装Rtools。注意： 在Windows编译R包时，有一小部分需要设置INSTALL_opts = "--force-biarch" 或INSTALL_opts = "--merge-multiarch", 建议后者。

  • configure.args: 该参数只在源代码编译时使用，会传入R CMD INSTALL中

  • configure.vars: 该参数只在源代码编译时使用， 类似于configure.args, 效果是在运行configure前设置环境变量。

  • clean: 在R CMD INSTALL中加入--clean参数，用于清除临时中间文件。

  • Ncpus： 编译时用多少CPU，加快编译速度。

  • verbose: 是否输出安装时的信息。

  • libs_only: 是否只安装64位或者32位的动态链接库

  • INSTALL_opts: 源代码编译时R CMD INSTALL的额外传入参数，例如c("--html", "--no-multiarch", "--no-test-load").

  • quiet: 安静模式，降低输出的信息量

  • keep_outputs: 是否在当前工作目录下保留源代码编译后的输出文件。

  • ...的额外的参数来自于download.file, 主要就是cache=TRUE表示服务端缓存。默认是”TRUE”，如果是http://和https://更建议用cacheOK=FALSE`, 避免一些报错。

关于Secure URLs

对于https://或者ftps://这类URL，R在下载数据时会尝试对网站的证书进行验证。通常会调用操作系统安装的CA root certificates完成。

对于Windows系统，method="libcurl"时可能会出现问题，也就是Windows系统不提供有效的CA certificate bundle, 也就是说默认情况下，Windows的certificates是没有被验证过的。也就是Sys.getenv("CURL_CA_BUNDLE")返回结果为空，建议Sys.setenv(CURL_CA_BUNDLE=file.path(Sys.getenv("R_HOME"),"/etc/curl-ca-bundle.crt"))打开验证。

可以从https://raw.githubusercontent.com/bagder/ca-bundle/master/ca-bundle.crt下载curl-ca-bundle.crt的备份。

关于代理

wininet调用系统中的Internet Option处理代理(proxy). 或者用Sys.setenv设置环境变量http_proxy,ftp_proxy

互联网选项Internet Options

解决报错的一些建议

建议1：在用install.packages安装R包之前，先用update.packages()升级一下已有R包。

建议2：对于文章开头的报错，请修改~/.Rprofile，增加如下内容

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options("download.file.method"="libcurl")
# # getOption("download.file.method")
options("url.method"="libcurl")
# getOption("url.method")
# options(internet.info = 0) # 进行HTTP传输的诊断，默认是2，只会显示最后的出错信息

也就是Windows尽量设置默认的method为libcurl，因为wininet未必一直支持HTTPS。 –https://github.com/r-lib/remotes/issues/45#issuecomment-262955721

建议3：如果遇到编译源代码报错，请在install.packages()中设置参数INSTALL_opts = "--merge-multiarch"和clean=TRUE

建议4：如果有些R包在安装时不能正确处理依赖关系，请在install.packages()中设置参数depencies=TRUE