2023

2 月

02-22 基于SpringBoot和React的一个文件上传案例

1 月

01-27 又快又好的Hi-C辅助组装流程

2022

12 月

12-31 Bioconductor安装的网络问题 12-11 无root权限下解决编译时的依赖问题 12-06 chatGPT会替代我们吗？

11 月

11-21 如何在脚本中调用conda创建环境的命令 11-07 我目前对Web开发的一些认知

10 月

10-21 从一则12年前的提问中学习:从配对序列联配到多序列联配 10-18 使用jcvi绘制微共线性(Microsynteny)

8 月

08-30 计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析 08-20 计算分子进化-学习笔记2 08-19 计算分子进化-学习笔记1 08-03 放弃conda拥抱mamba

7 月

07-20 基因组的重复序列注释的个人心得 07-04 「小技巧」给Seurat对象瘦瘦身 07-03 Arm架构的macOS安装conda

6 月

06-27 上手了一个自然语言模型BLOOM 06-15 服务器上R调用png显示x11报错怎么办？ 06-14 「macOS」为什么我的时间机器的备份磁盘无法被推出？

4 月

04-22 log化的TPM能做差异分析吗

3 月

03-28 使用非负最小二乘回归进行细胞类型转移 03-15 苹果的通用控制初体验

2 月

02-27 macOS的configd占了我好多内存 02-21 MacOS原生Arm64架构的R解决依赖编译问题 02-17 吐槽下biopython的SeqIO.write导出fasta 02-16 我的生信自学心得分享 02-14 RAP-DB版本的水稻注释文件的优化 02-10 Mac键盘上符号是什么含义？ 02-10 SSH登录服务器小技巧 02-01 M1芯片如何配置R分析环境「Intel版」

1 月

01-18 如何使用GMAP/GSNAP进行转录组序列比对 01-02 深入探索biopython的配对序列联配模块

2021

12 月

12-30 snapATAC使用后的主观评测 12-13 如何绘制物理图谱和遗传图谱的对应关系

11 月

11-24 「荐书」入门深度学习的必备数学知识 11-20 「荐书」Python神经网络编程，入门神经网络的儿童读本 11-18 如何向GitHub上传超过100MB的大文件

10 月

10-12 Rust第二课:为什么我的Rust比Python慢！

9 月

09-16 bwa索引文件amb/ann/pac格式说明

8 月

08-27 我的Rust第一课 08-27 谈谈Markdown语法中段内换行 08-26 记录近年来我的个人博客托管的折腾之旅 08-08 一次路由器刷固件安插件的折腾之旅 08-02 hifiasm对HiFi PacBio进行组装

6 月

06-30 在windows下编译bwa和samtools 06-30 在Windows上配置类Unix环境(MSYS2) 06-19 Windows中Visual studio使用Qt5的中文乱码问题

5 月

05-26 如何在Visual Studio上配置OpenCV 4.5.2用于C++项目开发

4 月

04-21 Centos的Slurm安装笔记 04-14 使用Biopython调用EMBOSS的needle 04-06 如何提高Github的访问速度

2 月

02-23 如何用WGDI进行共线性分析(三) 02-20 WGDI之深入理解blockinfo输出结果 02-02 如何用WGDI进行共线性分析(二) 02-01 如何用WGDI进行共线性分析(一)

1 月

01-23 「小技巧」如何让IGV更快的加载GTF和GFF注释文件 01-20 如何给bioconda贡献recipes 01-18 通过X11转发在服务器上用IGV 01-17 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十六章) 01-17 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十五章) 01-17 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

2020

11 月

11-02 基于igv.js的一个小工具

10 月

10-22 如何安装JCVI 10-22 如何在不使用root权限下安装Latex

8 月

08-25 如何爬取微信公众号的所有文章

7 月

07-30 三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区 07-20 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章) 07-19 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十二章) 07-19 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十一章) 07-12 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十章) 07-07 MAKER避免重复运算 07-06 MAKER训练SNAP基因模型 07-01 MAKER配置文件详解

6 月

06-29 MAKER的并行化初探 06-22 Singularity和MPI应用 06-04 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第九章)

5 月

05-31 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第八章) 05-25 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第七章) 05-24 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章) 05-24 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章) 05-24 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第四章) 05-23 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第三章) 05-22 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章) 05-21 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 05-19 使用RaGOO将基因组提升至染色体水平 05-18 使用Purge_dups去冗余序列 05-07 如何确定公共转录组数据集的来源性别

4 月

04-11 install.packages的参数介绍 04-08 Apollo安装笔记

3 月

03-28 深入解读Khash.h 03-11 一次由爬楼梯和零钱兑换II引起的DP子问题定义思考 03-10 LeetCode-045- 跳跃游戏II 03-09 LeetCode-322-零钱兑换

2 月

02-17 LeetCode-105-前序和中序构建二叉树 02-13 LeetCode-042-接雨水 02-12 LeetCode-084-最大面积 02-07 0-1背包问题 02-02 用C语言实现单链表操作

1 月

01-27 Klib之khash学习笔记 01-27 数据结构之堆(heap) 01-24 C语言实战课-klib库学习 01-23 C语言实战课-让程序能够处理gz文件 01-20 C语言实战课-将FASTQ转成FASTA 01-17 这一次我要真正学会C语言 01-17 利用k-mer进行基因组调查 01-09 逃离dplyr: 不使用group_by和arrange实现分组排序 01-08 使用EDTA进行TE注释 01-08 如何创造并尝试处理一个segmentation fault (core dumped)

2019

12 月

12-31 我的2019年 12-27 服务器磁盘配额管理 12-19 注意编程语言中浮点运算 12-18 单细胞测序数据整合中的批次效应 12-17 Seurat的normalization和scaling 12-16 从typora转移到VNOTE 12-11 「BioNano系列」如何进行cmap之间的比对 12-11 答: 扪心自问，meme几何？ 12-09 ggplot2高级:构建自己的图层 12-09 R语言文件读取的基础知识 12-08 Hi-C数据可视化-组装角度 12-06 Canu的graph和contig生成过程 12-04 SALSA:基于Hi-C辅助组装长读长组装结果

11 月

11-25 PBMC简介 11-22 如果你需要我回答你的问题 11-22 如何在MacOS/Linux的RStudio上切换R版本 11-18 使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异 11-09 使用mclust进行聚类分析 11-07 线性代数学习笔记-利用最小二乘法做线性回归 11-02 数据预处理之变量变换 11-01 使用LACHESIS利用HiC数据进行基因组组装

10 月

10-31 ALLHiC: 辅助组装简单的二倍体基因组 10-30 ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table 10-28 使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 10-25 使用nextpolish对三代组装进行polish 10-24 「热图」ComplexHeatmap展示单细胞聚类 10-22 「LeetCode」递归题目之第N个Tribonacci数 10-21 使用NextDenovo组装Nanopore数据 10-21 「BioNano系列」如何进行cmap之间的比对 10-17 使用SCALE分析单细胞ATAC-seq数据 10-16 「文献」杂合基因组的策略思路 10-15 使用Rcpp提高性能之入门篇 10-15 Rcpp学习笔记之数据结构 10-14 服务器上安装RStudio-server 10-14 Rcpp学习笔记之简化版table 10-13 Rcpp学习笔记之Hello World! 10-13 给R使用者的C++最少必要知识 10-11 如何对基因组序列进行注释 10-10 如何展示MUMMER的结果 10-10 使用BRAKER2进行基因组注释 10-10 「RNA-seq分析软件」RNA-seq比对工具STAR学习笔记 10-09 「文献」多倍体植物基因组测序组装当前策略 10-06 使用ASMap构建高密度遗传图谱 10-04 如何使用BSA方法进行遗传定位（水稻篇） 10-03 使用SHOREmap做mapping-by-sequencing 10-01 如何用binmapr进行遗传定位

9 月

09-23 如何在服务器上安装最新的R 09-23 无root权限解决编译时的依赖问题 09-18 使用RepeatModeler和RepeatMasker注释基因组重复序列 09-15 使用wgd进行全基因组复制分析 09-09 使用refgenie管理你的参考基因组 09-07 在iPad上阅读文献和图书 09-07 使用坚果云作为Zotero的存储 09-05 服务器硬盘管理笔记 09-03 使用OrthoFinder进行基因家族分析 09-03 使用OrthoMCL鉴定直系同源基因组 09-02 这可能是最全最好的BLAST教程 09-02 「JCVI教程」使用JCVI根据CDS的BLAST结果绘制共线性图 09-02 「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中) 09-02 「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上) 09-02 使用Swiss-Prot根据同源基因进行注释

8 月

08-31 NECAT: Nanopore数据的高效组装工具 08-31 Seurat的scATAC-seq分析流程 08-30 为ChIPseeker增加了一个subset函数 08-29 三代组装软件miniasm笔记 08-29 使用purge_haplogs处理基因组杂合区域 08-28 使用TransDecoder寻找转录本中的编码区 08-28 DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件 08-28 使用MAKER进行全基因组基因注释-基础篇 08-28 三代组装软件Canu使用 08-27 使用TEclass对TE一致性序列进行分类 08-27 使用Pilon对基因组进行polish 08-27 如何使用MUMmer比对大片段序列 08-27 SAMtools: SAM格式的处理利器 08-27 使用Snakemake搭建分析流程 08-27 LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具 08-26 HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具 08-26 「基因组注释」使用RepeatModeler从头注释基因组的重复序列 08-25 利用3D-DNA流程组装基因组 08-25 样本足够多时别用DESeq2，用非参数检验都行 08-23 如何安装perl模块 08-22 3分的水稻转录组分析实战 08-22 如何让你的GitHub能被引用 08-21 MECAT2: 三代高效组装工具 08-20 「三代组装」使用新版Falcon进行三代测序基因组组装 08-18 Cicero: 单细胞共开放分析 08-17 motifmatchr: 在R语言中分析peak中里是否有motif匹配 08-17 R语言的稀疏矩阵学习记录 08-16 chromVAR: 从单细胞表观数据中推断转录因子相关开放区域 08-14 实现Seurat 2 和 Seurat3 在同一个环境下共存 08-13 用rtracklayer读取和输出BigWig 08-10 「文章重现」2019发表在NBT的10x sc-ATAC-seq分析重现 08-07 「生信基础课」初学者入门Linux最少必要的知识点

7 月

07-31 从零开始学CIRCOS绘制圈图(五) 07-31 从零开始学CIRCOS绘制圈图(四) 07-30 从零开始学CIRCOS绘制圈图(三) 07-30 从零开始学CIRCOS绘制圈图(二) 07-29 如何高效地从BAM文件中提取fastq 07-29 如何从BAM文件中提取fastq 07-28 R语言的字符串操作 07-26 从零开始学Circos绘制圈图(一) 07-26 如何用软件模拟NGS数据 07-25 通过grep来学习正则表达式 07-25 从PATH说起的shell命令行替换 07-25 使用Halo搭建我的博客