Bioconductor安装的网络问题

由于Bioconductor的网站在国外,因此一部分用户可能在使用BiocManager安装R包时因网络问题而失败。

第一个问题是,BiocManager::install()在运行时会下载 http://bioconductor.org/config.yaml 然后检查当前系统是不是符合需求,R包有没有过期。

尽管config.yaml文件非常小,但是依旧有一小部分人会因为访问不了biconductor.org, 导致这步花费非常久的时间。

两个解决方案:

第一个是设置BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS来避免自检

1
options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=FALSE)

第二个是,下载好这个config.yaml到本地, 设置BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE为该文件在本地的路径

1
options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE="/路径/到/你下载的/config.yaml")

第二个问题是,用官方源下载速度非常慢,所以可以使用国内镜像,如

1
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

亦或者用 chooseBioCmirror() 选择。