基因组学

如何绘制物理图谱和遗传图谱的对应关系

唐海宝老师开发的JCVI有一个工具，叫做ALLMAPS， 能够展示遗传图谱和物理图谱的对应关系，如下所示

alignment

但是这个图的目标是为了对ALLMAPS的scaffold结果进行可视化，并不是专门用于展示遗传图谱的标记和物理图谱的对应关系。尽管在allmaps这个组件下提供了plot函数，命令行输入只要求 input.bed 和 seqid， 但实际运行的时候还要求 allmaps path的中间文件, xxxx.lifted.bed, xxxx.agp, weight.txt等文件。

为了解决这一问题，我阅读了allmaps.py的源代码，在plot的基础上增加了一个plot2函数，只需要用户输入 input.bed, 染色体编号和染色体的长度就能够画图。

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# python -m jcvi.assembly.allmaps plot2 input.bed 染色体编号 染色体长度
python -m jcvi.assembly.allmaps plot2 input.bed chr1 123140023

其中input.bed的格式要求有6列，

  • 标记所在染色体名
  • 标记所在染色体的start
  • 标记所在染色体的end, 通常就是start+1
  • 标记对应的图谱位置， 要求输入为”图谱名-连锁图谱所在组:连锁图谱的遗传距离”
  • 标记名

案例

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Chr1    68185909        68185910        male-14:48.470000        Chr1:68185910
Chr1    68479621        68479622        male-14:49.380000        Chr1:68479622
Chr1    68595299        68595300        male-14:48.440000        Chr1:68595300

可以先生成如下的csv文件，然后转换成bed

input.csv

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python -m jcvi.assembly.allmaps merge  male.csv male.bed

目前有plot2函数的代码还在我的项目下，xuzhougeng/jcvi, 待代码稳定了，再PR。