如何安装perl模块

由于生物信息早期最多用的语言是perl，因此不可避免就要用别人的perl脚本或者基于perl的项目来处理数据。

使用perl脚本和使用其他编程语言的脚本没啥不同，毕竟你只要传入参数，它就能给你结果。因此对于我们这些不用perl写脚本，只需要调用的人而言，唯一要学会的事情就是**如何安装perl的模块”。

关于perl模块安装，最古老的方法就是使用perl -MCPAN -e shell或者是cpan（两者等价），这也是我最先接触的方法，这里介绍如何使用local::lib和cpanm实现非root权限安装perl模块。

使用系统自带的perl

安装任何软件最怕遇到的问题就是权限问题，因此我们需要先安装local::lib，使得我们能够将perl模块安装到任何地方，简单的说就是安装到我们的家目录下

第一步，下载源代码进行编译安装

wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000024.tar.gz
tar xf local-lib-2.000024.tar.gz
cd local-lib-2.000024
perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
make test && make install

第二步：设置环境变量，使得perl在安装模块的时候会优先使用我们指定的路径

echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc

先用perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt表示运行前先添加$HOME/opt/lib/perl5到自己的搜索路径@INC中，然后传入参数$HOME/opt执行模块local::lob，这个模块的执行结果会输出如下内容

Attempting to create directory /home6/wangjw/opt
PATH="/home/zgxu/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;
PERL5LIB="/home/zgxu/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/zgxu/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/zgxu/opt\""; export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/zgxu/opt"; export PERL_MM_OPT;

这些就作为eval的参数进行执行，也就是说你重启终端后后，PERL5LIB PERL_LOCAL_LIB_ROOT,PERL_MB_OPT,PERL_MM_OPT这几个变量就会重新设置，以此保证你后续安装perl模块时，会优先安装到自己的选择的目录

第三步：安装cpam. 由于之前已经配置了local::lib，因此perl编译的工具都会默认安装到~/opt目录下

wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7043.tar.gz
tar xf App-cpanminus-1.7043.tar.gz
cd App-cpanminus-1.7043
perl Makefile.PL
make test && make install

第四步：使用国内镜像提高下载速度，可以通过别名的方式实现

echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc

之后便可以使用cpanm Module::Name安装任意的软件了。

自己编译一个perl

自己编译Perl的好处就在于之后的perl模块都会安装到自己的Perl目录下，而不会对系统造成影响。

cd ~/src
wget -4 http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.1.tar.gz
tar xf perl-5.26.1.tar.gz
cd perl-5.26.1
./Configure -des -Dprefix=$HOME/opt/sysoft/perl-5.26.1
make test
make install

然后用perl -e '{print "$_\n" foreach @INC}'会发现perl只会在自己的目录~/opt/sysoft/perl-5.26.1下查找模块。那么使用cpanm Module::Name安装的任何包都只会安装到~/opt/sysoft/perl-5.26.1下，你也不需要安装local::lib了

conda的perl和系统的perl冲突

有一次我遇到这个问题

perl: symbol lookup error: /home/wangjw/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/Cwd/Cwd.so: undefined symbol

这个问题是因为用系统perl安装的软件被conda的perl优先查找到导致，用perl -V和perl -e '{print "$_\n" foreach @INC}'可以发现conda的perl查找路径低于我为系统perl安装的路径，解决方案如下

export PERL5LIB=""