通过[在Windows上配置类Unix环境(MSYS2)](/archives/configure-msys2-in-windows)里的操作，我们成功的在Windows里拥有了一个类Unix的环境，后续，我们就可以在这里面编译一些软件，这里以bwa和samtools为例 以下是一些必须的依赖项 - zlib-devel - git - make - gcc 用pacman安装依赖项，如zlib-devel和git ```bash pacman -S zlib-devel # 查漏补缺 pacman -S --needed base-devel pacman -S mingw-w64-x86_64-toolchain pacman -S git pacman -S gcc vim cmake ``` 如果连接git速度有问题，可以尝试按照如下方法配置镜像 ```bash git config --global url."https://hub.fastgit.org/".insteadOf "https://github.com/" git config protocol.https.allow always ``` ## 编译bwa bwa只依赖于zlib，因此会很顺利 ```bash git clone https://github.com/lh3/bwa # compile cd bwa make ``` ## 编译htslib samtools依赖于htslib，因此需要先编译htslib ```bash paman -S libbz2-devel liblzma-devel git clone https://github.com/samtools/htslib cd htslib git submodule update --init --recursive # 不需要root ./configure make -j make install ``` ## 编译samtools 已知我不需要用到samtools 的 tview功能，则可以设置 `--without-curses ` ```bash git clone https://github.com/samtools/samtools cd samtools autoheader autoconf -Wno-syntax ./configure --without-curses make -j make install ``` 如果需要直接在cmd中调用msys2编译的程序，需要将 MSYS2 安装目录下的 `usr/bin`添加到Windows的环境变量中Path，参考[在Windows上配置类Unix环境(MSYS2)](/archives/configure-msys2-in-windows)里的操作 可能报错: ```bash make: *** 没有规则可制作目标“../htslib/htscodecs/htscodecs/arith_dynamic.c”，由“../htslib/hts-object-files” 需求。 停止。 ``` 原因: htslib没有克隆完全。