事情源于，我在写脚本的时候，在脚本里面插入了一句 `conda activate 环境名`, 然后出现如下的报错提示 ```text CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'. To initialize your shell, run $ conda init <SHELL_NAME> Currently supported shells are: - bash - fish - tcsh - xonsh - zsh - powershell See 'conda init --help' for more information and options. IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'. ``` conda认为我没有初始化环境，我脚本是在bash环境下运行的，我也用`conda init bash`初始化过。因此，问题肯定不是出在这里。 利用关键词"conda activate in bash script"检索，我找到了两种解决方法。 方法1: 在脚本中多加一句 ```bash source $HOME/miniconda/etc/profile.d/conda.sh ``` 注意，我的conda是安装在家目录下的miniconda目录中，对于非家目录的安装方式，要修改 `$HOME/miniconda`。 方法2: 我们可以通过 `conda run` 来运行给定环境下的命令，假如，我们安装了一个环境rna-seq, 里面有一个程序叫做STAR, 我们可以随便写一个tmp.sh脚本，内容为 ```bash conda run -n rna-seq STAR --help ``` 那么，此时运行 bash tmp.sh 就不会报错。也就是说，你并不是一定要用conda activate 启动环境，才能调用命令，你其实可以调用某个环境的给定指令。 方法2相对于方法1有个非常大的优势，那就是，如果你有多个不同python版本的环境，你不用担心写脚本的时候写了启动，但是忘了写退出。你只需要在原来的代码前加上一句， `conda run -n 环境名`。 - [calling conda source activate from bash script](https://stackoverflow.com/questions/34534513/calling-conda-source-activate-from-bash-script) - [activating conda environment in within a shell script](https://askubuntu.com/questions/1218048/activating-conda-environment-in-within-a-shell-script)