在2年之前我写过一篇教程介绍MUMmer软件的使用方法，可以通过[如何使用MUMmer比对大片段序列](/archives/Using-MUMmer-to-align-genome)阅读。 MUMmer作为一个比对工具，它的主要功能就是寻找两个序列的相似之处，至于如何展示结果，并不是它的主要目标。这篇文章将会介绍如何基于MUMMER的输出结果进行可视化。 首先是下载数据，我们用细菌的基因组作为案例 ```bash wget http://mummer.sourceforge.net/examples/data/H_pylori26695_Eslice.fasta wget http://mummer.sourceforge.net/examples/data/H_pyloriJ99_Eslice.fasta ``` 然后使用`nucmer`进行比对 ```bash nucmer H_pylori26695_Eslice.fasta H_pyloriJ99_Eslice.fasta ``` 只保留1对1的最佳联配 ```bash delta-filter -1 out.delta > filter.delta ``` 输出容易展示的信息 ```bash show-coords -T -q -H filter.delta > coord.txt ``` 上面这几个程序的参数需要根据具体需求进行修改，并不是固定用法 后续就是在R语言里面继续绘图。 先加载数据并根据数据格式命名列 ```r df <- read.table("~/coord.txt", sep = "\t") colnames(df) <- c("ref_start", "ref_end", "qry_start", "qry_end", "ref_len", "qry_len", "identiy", "ref_tag","qry_tag" ) ``` 获取x和y轴的范围 ```r x_range <- range(c(df$ref_start, df$ref_end)) y_range <- range(c(df$qry_start, df$qry_end)) ``` 新建一个画图设备，并设置好画图区域 ```r plot.new() plot.window(xlim = x_range, ylim = y_range) ``` 之后逐行绘制每个联配结果，用不同的颜色来展示倒置的情况 ```r for( i in 1:nrow(df)){ if (df[i,3] < df[i,4]){ lines(x = df[i,1:2], y = df[i,3:4], col = "red") } else{ lines(x = df[i,1:2], y = df[i,3:4], col = "blue") } } ``` 最后加上x轴和y轴的标签 ```r box() axis(1, at = seq(0, x_range[2], 10000), labels = seq(0, x_range[2], 10000) / 10000) axis(2, at = seq(0, y_range[2], 10000), labels = seq(0, y_range[2], 10000) / 10000) ``` 结果如下  上面这种作图方式就是R语言的基础作图模式，从绘图思想上叫做画笔模式，这区别于ggplot2所代表的图形语法。