OrthoMCL是目前最常用的基因家族分析软件，从2013年发布2.0版本之后再也没有更新过，虽然它的安装过程复杂负责，但是依旧挡不住大家对他的喜好。 当然软件安装复杂是相对于之前，现在用Docker就可以轻松的安装和使用OrthoMCL。由于 ```bash docker pull jasonkwan/orthomcl_docker ``` 由于该容器自带一个`run_orthomcl.py`, 只要你准备好输入数据和配置文件，就能够自动化进行分析. 其中run_orthomcl.py的参数有5个 - -t/--table_path fasta_table的文件路径 - -s/--start_stage: 开始阶段，1,2,3,4 - -e/--end_stage: 结束阶段， 1,2,3,4 - -p/--processors: 线程数 - -c/--config_file: 配置文件 其中-s和-e的1-4分别对应为 - 1: 使用orthomclAdjustFasta, orthomclFilterFasta进行数据预处理 - 2: 使用DIAMOND进行all-vs-all blast - 3: 使用MySQL数据库寻找配对 - 4: 使用MCL处理配对 ## 分析流程 我们以一个具体的案例说明下。新建一个文件夹，例如说`test`， 里面是收集好的物种氨基酸序列。 ```bash $ ls Alyrata.faa Athaliana.faa Chirsuta.faa ``` 由于Docker版本的OrthoMCL使用DIAMOND进行blastp比对，因此一定要保证你的氨基酸序列中没有"."，否则会报错。可以用`seqkit grep`过滤不合格的序列。 ```bash seqkit grep -s -vrp '"\."' input.fa > output.faa ``` 之后创建一个fasta_table，放在`test`目录下。该文件分为两列，第一列是文件名，第二列是缩写。 ```bash Alyrata.faa Aly Athaliana.faa Ath Chirsuta.faa Chi ``` 准备配置文件`orthomcl.config`，同样放在`test`目录下 ```bash dbVendor=mysql dbConnectString=dbi:mysql:orthomcl:mysql_local_infile=1 dbLogin=root dbPassword=PAssw0rd similarSequencesTable=SimilarSequences orthologTable=Ortholog inParalogTable=InParalog coOrthologTable=CoOrtholog interTaxonMatchView=InterTaxonMatch percentMatchCutoff=50 evalueExponentCutoff=-5 oracleIndexTblSpc=NONE ``` 在test同级目录下运行如下命令 ```bash docker run --privileged=true --rm -it --volume $PWD/test:/outdir:rw jasonkwan/orthomcl_docker:latest bash ``` 就会进入Docker的交互命令行，运行`run_orthomcl.py` ```bash cd outdir run_orthomcl.py --table_path fasta_table --config_file orthomcl.config --processors 32 & ``` 假如不希望进入交互命令行，那么需要按照下面的方法进行运行 ```bash docker run --privileged=true --rm --volume $PWD/test:/outdir:rw jasonkwan/orthomcl_docker:latest /bin/bash -c "/tmp/.runconfig.sh && run_orthomcl.py --table_path /outdir/fasta_table --config_file /outdir/orthomcl.config --processors 32 " ``` 最终输出结果是groups.txt。下一个问题是，当你有了groups.txt后，下面能做什么分析呢？ 按照对基因组学文章的整理，基本上就是下面两个 - 使用单拷贝基因构建系统发育树。 - 使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析 我正在找一篇文章尝试重现这个流程。 ## 参考资料 - https://hub.docker.com/r/jasonkwan/orthomcl_docker - https://bitbucket.org/jason_c_kwan/orthomcl_docker/src/master/Dockerfile - 特别感谢[Leo](https://github.com/leoatchina)在Docker上的帮助 - Dockerfile中CMD和ENTRYPOINT: https://www.cnblogs.com/sparkdev/p/8461576.html