一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。  当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这种图。接下来我将会写一些列教程（可能有视频），通过教别人学Circos的方式来自学Circos。 ## 环境配置 建议在Linux环境下配置Circos，之后只要用conda就能配置好分析环境 ```bash # 安装 ## circos conda create -c bioconda -n circos circos ``` 测试软件安装结果 ```bash # 测试circos conda activate circos # 确认安装 circos -V # 显示如下 # circos | v 0.69-8 | 15 Jun 2019 | Perl 5.026002 ``` 可以从<http://circos.ca/software/download/>下载官方的教程文件，分别是 - [circos-course-2017.tgz](http://circos.ca/distribution/circos-course-2017.tgz) - [circos-tutorials-current.tgz](http://circos.ca/distribution/circos-tutorials-current.tgz) ## 处理过程 Circos依赖于一些列的配置文件，用来定义复杂图形的各个部分，最终加工成图形。 因此，用Circos画图是一个不断增添内容的过程，你要不断根据输出结果来调整输入参数。 并且整个分析中，你还要拥有过关的数据预处理的能力，这是因为Circos不是数据处理工具，它只是展示你已有的数据。  ## 快速开始 不管怎么样，先快速绘制出一个Circos图再说。 > 果子老师说过，我们不是先成为了老司机才开车，而是开车多了才成为了老司机。 第一步，先新建一个文件夹，用于存放本次分析的所有数据和配置文件 ```bash mkdir -p my_first_circos && cd my_first_circos ``` 然后用`vim karyotype.tair10.txt`编辑文本，新增如下内容 ```bash chr - chr1 chr1 0 30427617 black chr - chr2 chr2 0 19698289 black chr - chr3 chr3 0 23459830 black chr - chr4 chr4 0 18585056 black chr - chr5 chr5 0 26975502 black ``` 之后创建一个`circos.conf`文件，用于增加各类配置参数 ```bash touch circos.conf ``` 用`vim circos.conf`，增加我们的第一条记录，染色体信息 ```bash karyotype = karyotype.tair10.txt ``` 然而要想真正的出图，还需要增加至少以下配置语句才行 ```bash <ideogram> <spacing> default = 0.005r </spacing> radius = 0.90r thickness = 20p fill = yes stroke_color = dgrey stroke_thickness = 2p </ideogram> <image> <<include etc/image.conf>> </image> <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> <<include etc/housekeeping.conf>> ``` 在当前路径下运行`circos -conf circos.conf`, 最终效果图如下  虽然图比较丑，但是至少我们成功运行了人生第一次的circos, 这就相当于买了一套毛坯房，后面要做的事情就是不断装修。 比如说，我们至少可以让不同染色体拥有不同的颜色，修改之前的`karyotype.tair10.txt`中的最后一列 ```bash chr - chr1 chr1 0 30427617 chr1 chr - chr2 chr2 0 19698289 chr2 chr - chr3 chr3 0 23459830 chr3 chr - chr4 chr4 0 18585056 chr4 chr - chr5 chr5 0 26975502 chr5 ``` 在当前路径下运行`circos -conf circos.conf`, 最终效果图如下  这就引出了第一个知识点，**配色**。 为了实现配色，需要`circos.conf`文件了有一个和配色有关的语句 ```bash <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> ``` 这里`<<>>`表示通过**相对路径**的方式加载另外一个配置文件，它的实际路径是和`circos`所在目录同级的`etc`,可用下面语句看到`colors_fonts_patterns.conf`的内容 ```bash circos_path=$(dirname `which circos`) less ${circos_path%bin}/etc/colors_fonts_patterns.conf ``` 你会发现，这个文件里还嵌套其他的配置文件。最终通过层层排查，你才知道`etc/colors.ucsc.conf`才是实际定义我们填写的颜色名的文件，而颜色的定义如下： ```bash chr1 = 153,102,0 chr2 = 102,102,0 chr3 = 153,153,30 chr4 = 204,0,0 chr5 = 255,0,0 ``` 还有一个问题，为什么这里用的是两个尖括号`<<`，而不是一个尖括号`<`呢？这是因为`<`已经被用于分隔不同的语句块，如下语句就表示`etc/image.conf`里的配置信息是用来调整和`image`有关的配置，而不是去调整`ideogram`的配置。 ```bash <image> <<include etc/image.conf>> </image> ``` --- 以上是快速开始部分，后续将会在此基础上，做出发表级别的图。