> 这是我在[哔哩哔哩](https://space.bilibili.com/249108235)上课程的文字稿版本。我有点完美主义的倾向，所以为了避免自己因为觉得自己某个部分的说话不利索，不清楚，所以总是会写稿子。  这次课程的主题是生信入门必须学习的几个Linux操作。 ## 为什么要学习Linux 如果你要学习生物信息学，那么你一定要学会使用Linux。这是因为，绝大部分的生信软件都需要运行在Linux平台，并且有些时候，你会要用到服务器去处理大量的数据，而这些服务器几乎都是Linux环境。 当然，你可以说，我可以用云平台呀，毕竟现在很多公司都开发了云平台，我们拖拖拽拽就可以搞分析了呀。是的，现在的云平台也来越成熟，使用体验也很棒，我也很喜欢。不过我还是建议大家学Linux，因为当你学会Linux之后，你会变得更加自由，不再受限于别人的平台，而且能让日常工作变得高效起来。 ## 如何学习Linux 那么如何学习呢？通常你问别人如何学Linux的时候，对方十有八九会给你推荐鸟哥的书，这没啥毛病，因为我也是靠鸟哥的书入门的，那本书已经被我翻成了这副模样。 学习没有捷径，但是可以少走几步路。我们不需要精通Linux，成为Linux大牛，靠Linux吃饭，我们只需要掌握一些基本操作，搞得定日常基本操作就行。就像绝大部分人用Windows的时候，也不知道如何配置Windows里的环境变量，但是一点不妨碍基本使用呀。 通过我对自己平时操作的总结，我认为学Linux起码要掌握下面这三方面内容。 - 操作迁移，就是把Windows上的常见操作都在Linux里找到对应的操作 - TAB补全，不但可以让你的操作更快，而且还能让你避免大部分的报错 - 环境变量，学习Linux一定要理解环境变量，否则你就装不好软件。 不过，最重要的是，你得先有一个Linux环境。我在哔哩哔哩上录制了两个视频，教大家如何在Windows平台上配置你的Linux环境，如何在Mac上配置Linux环境。 先看Vim视频: - https://www.bilibili.com/video/av58673256 再配置Linux环境： - Windows10/Linux: https://www.bilibili.com/video/av58541835 - MacOS: https://www.bilibili.com/video/av58541835 本次视频的操作虽然是在mac上录制，但是适用于大部分的Linux环境，包括Ubuntu和CentOS，如果有什么问题，欢迎在留言区提问交流。 ## TAB补全 在演示Linux操作之前，我一定要先强调下tab补全的重要性，它是我认为最重要的一个操作。 初学者在学习Linux的时候，最常见的状态就是，按照教程内容，一个一个字符的敲。由于刚学习，敲代码还不熟练，因此，十有八九会出现敲错的情况，那么结果就是代码运行失败。运行失败怎么办？可能也不会去看报错，然后检查自己的输入，估计就是截图或者拍照发到群里提问了。 因此，在正式开始敲代码之前，大家先在键盘上找到tab，多敲几次，感受到它的存在。 后面，我还会不断强调它，直到它刻在你的脑子里。 ## 操作迁移 接下来，我们来讲讲这次课程的主要内容，**操作迁移**。 我们在Windows上最常做的操作是什么呢？我觉得，最常见的操作应该是下面这些吧 - 浏览目录 - 切换目录 - 新建文件夹/删除文件夹 - 新建文件/删除文件 - 查看文本 - 了解资源使用情况 - 数据下载 - 安装软件 那么这些操作在Linux里的对应命令是什么呢？我们先浏览一下命令，然后通过一个模拟的项目来一个个了解他们。 - 浏览目录: ls - 切换目录: cd, pwd - 新建文件夹/删除文件夹: mkdir / rmdir / rm -r - 新建文件/删除文件: vim / rm - 查看文本: less, head, tail, cat - 了解资源使用情况: top - 数据下载: wget / curl - 安装软件: apt-get/yum/conda 那么这些命令应该怎么用呢？其实很简单，就是输入命令名，后面的参数，看情况加。强调一点，如果要用到参数，那么命令名和参数之间是需要空格分隔的。 我们以一个项目为例，去学习使用最常见的Linux命令。这个任务内容如下 1, 在家目录下**创建**文件夹，名为 abc 2, 将abc**重命名**为 study 3, 下载拟南芥的注释GFF文件， 解压缩 4, 使用less**查看**文件内容 5, 删除gff 文件 6, **删除** study**文件夹** 具体操作阅读原文看我的视频。大约在5分20秒处 ## 环境变量 环境变量也是Linux学习中非常重要的知识点，不了解他甚至都不能用好软件。 不过环境变量属于哪种你不知道，你觉得很高级，一旦知道后，却发现很简单的存在。其实我们从小学或者初中开始就通过数学了解到它。比如说x + 3 =5， x+ 4=5，其中的x就是变量，就是会变的量。 在计算机里，它就用来存储其他的值一个名字，相当于一个中介。 变量有可以分为环境变量和局部变量，环境变量就是比局部变量作用更广泛的一个变量。举个例子，当我说到爱因斯坦这个名字时，这会让你想到的是一个物理学家，但是如果你家里有一只猫，它也叫爱因斯坦，他就是一个局部变量。局部变量可以覆盖环境变量。 接下来我们将会通过一个例子，通过PATH这个环境变量来理解。 - 查看环境变量PATH - 新建一个目录存放软件 - 将目录加入环境变量PATH - 下载软件 - 给软件添加执行权限 - 测试软件 具体操作阅读原文看我的视频。在15分钟的时候。 视频我传到了哔哩哔哩，假如你不喜欢哔哩哔哩，想要下载我的2880 x 1800（大约3G）的视频，这是百度盘地址，链接: <https://pan.baidu.com/s/17yxk78_kpeL5BA-3P0i06Q> 密码:7ro0。相信我，你哔哩哔哩已经够高清了，你真的不需要20分钟3G的视频。 对于入门而言，知道的越少越好，因为细节无穷无尽。你先要上手，会敲命令了。那么后期继续深入反而就只是时间问题了。 之后，我会更新一系列入门提高的视频，介绍Linux的各种细节，比如说， - 括号的用法 - 变量操作 - shell脚本 - ...