利用k-mer进行基因组调查

在组装基因组之前一定要先对要组装的物种有一个大致的了解,判断其复杂程度,标准如下基因组大小:基因组越大,测序花的钱越多简单基因组:杂合度低于0.5%,GC含量在35%~65%,重复序列低于50%二倍体普通基因组:杂合度在0.5%~1.2%中间,重复序列低于50%。或杂合度低于0.5%,重复序列低于6

使用EDTA进行TE注释

从此重复序列注释就是一行命令的事情

Hi-C数据可视化-组装角度

从组装角度来看,我更关注如何展示多条contig之间的互作关系

SALSA:基于Hi-C辅助组装长读长组装结果

SALSA应该是第一个用GFA作为Hi-C辅组组装输入信息的工具吧

ALLHiC: 辅助组装简单的二倍体基因组

简单基因组也可以试试ALlHiC哦

ALLHiC续: 如何构建Allele.ctg.table

关于ALLHiC构建Allele.ctg.table的补充

使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装

ALLHiC, 高杂合基因组和多倍体物种的HiC辅助组装利器

使用nextpolish对三代组装进行polish

使用NextPolish对三代组装结果进行polish
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