从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)

这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四),对之前的布局进行调整,使结构更加适合于发表。染色体的位置顺序默认情况下是会显示所有的染色体,而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8,那么如何调整顺序呢?需要设置的参数是chromosomes_order,按照自己的需求调整位置。chr

从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)

通常circos的中间部分不是空白区域,会用一条条线进行连接,表示两个染色体部分区域有关系。数据格式对于link,circos要求输入数据至少有6列,分别是chr1start1end1chr2start2end2[options]举个例子chr110000002000000chr5300000040

从零开始学CIRCOS绘制圈图(三)

如何展示基因密度信息

从零开始学CIRCOS绘制圈图(二)

设置配色,显示标签(label), 刻度和单位

从零开始学Circos绘制圈图(一)

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图,用来描述基因组的基因密度分布,转座子的密度分布,和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系,以及其他各种你只要测序就能加上的信息,比如说你要是测了ATAC-seq,加上全基因组开放状态,要是测了多个组织,多个时期的RNA-seq,那就加上热图展现这种变化关系。
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