如何对基因组序列进行注释

如何注释你的基因组?

使用BRAKER2进行基因组注释

基因组注释的一个流程化工具

使用Swiss-Prot根据同源基因进行注释

使用UniProt上的dat信息对基因进行功能注释

使用TransDecoder寻找转录本中的编码区

TransDecoder能够从转录本序列中鉴定候选编码区。这些转录本序列可以来自于Trinity的从头组装,或者来自于Cufflinks或者StringTie的组装结果。

DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件

没想到它的速度那么快,相见恨晚

使用MAKER进行全基因组基因注释-基础篇

MAKER使用方便,并且许多高分文章(NG,NP,MP)都有用它

「基因组注释」使用RepeatModeler从头注释基因组的重复序列

RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释,它的核心组件是RECON和RepatScout。
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