如何高效地从BAM文件中提取fastq

如何从BAM文件中提取fastq文章里其实也发现了从BAM里面提取Fastq是有些麻烦,只不过最后通过samtools的子命令实现了数据提取,实现功能之后也没有再去思考如何提高效率。

最近读到每周文献-190419-植物单细胞BAM重比对以及假基因研究时,发现里面提到了一个工具叫做 bazam, 功能就是提取Fastq文件,文章发表在 Genome Biology 上。

软件地址为https://github.com/ssadedin/bazam,因为他是个Groovy工具(据说Groovy比Java好写)所以安装很方便,

git clone https://github.com/ssadedin/bazam.git
cd bazam
git submodule update --init --recursive
./gradlew clean jar

可以通过如下命令检查是否安装成功

java -jar build/libs/bazam.jar -bam  test.bam  > tmp.fastq

假如你原来的BAM文件是双端测序,想提取成两个文件,那么可以用如下命令。:这里的your.bam 指的是你实际BAM文件

java -Xmx16G -jar build/libs/bazam.jar \
    -bam your.bam -r1 your_R1.fq -r2 your_R2.fq &

此外,bazam还支持使用-L指定区间来提取某个区间的数据。

尽管是可以从BAM文件中提取Fastq文件,但如果原始BAM文件过滤了未必对的read,那么你还是会损失掉这部分信息,建议保存好原来的Fastq文件。

这里补充下为啥从BAM文件中提取双端序列那么麻烦,这是因为一般而言BAM文件都是按照位置信息排序,想要找到配对的reads,要么是根据read的编号进行排序(这个方法要求额外的内存和存储空间),或者就是在提取的时候记录当前的read的ID,再找到另一端ID后释放内存空间。

参考资料

# Linux 

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